[136] | 1 |
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| 2 | #include <Eigen/Sparse>
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| 3 | #include <bench/BenchTimer.h>
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| 4 | #include <set>
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| 5 |
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| 6 | using namespace std;
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| 7 | using namespace Eigen;
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| 8 | using namespace Eigen;
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| 9 |
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| 10 | #ifndef SIZE
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| 11 | #define SIZE 1024
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| 12 | #endif
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| 13 |
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| 14 | #ifndef DENSITY
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| 15 | #define DENSITY 0.01
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| 16 | #endif
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| 17 |
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| 18 | #ifndef SCALAR
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| 19 | #define SCALAR double
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| 20 | #endif
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| 21 |
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| 22 | typedef SCALAR Scalar;
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| 23 | typedef Matrix<Scalar,Dynamic,Dynamic> DenseMatrix;
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| 24 | typedef Matrix<Scalar,Dynamic,1> DenseVector;
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| 25 | typedef SparseMatrix<Scalar> EigenSparseMatrix;
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| 26 |
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| 27 | void fillMatrix(float density, int rows, int cols, EigenSparseMatrix& dst)
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| 28 | {
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| 29 | dst.reserve(double(rows)*cols*density);
|
---|
| 30 | for(int j = 0; j < cols; j++)
|
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| 31 | {
|
---|
| 32 | for(int i = 0; i < rows; i++)
|
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| 33 | {
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| 34 | Scalar v = (internal::random<float>(0,1) < density) ? internal::random<Scalar>() : 0;
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| 35 | if (v!=0)
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| 36 | dst.insert(i,j) = v;
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| 37 | }
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| 38 | }
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| 39 | dst.finalize();
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| 40 | }
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| 41 |
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| 42 | void fillMatrix2(int nnzPerCol, int rows, int cols, EigenSparseMatrix& dst)
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| 43 | {
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| 44 | // std::cout << "alloc " << nnzPerCol*cols << "\n";
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| 45 | dst.reserve(nnzPerCol*cols);
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---|
| 46 | for(int j = 0; j < cols; j++)
|
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| 47 | {
|
---|
| 48 | std::set<int> aux;
|
---|
| 49 | for(int i = 0; i < nnzPerCol; i++)
|
---|
| 50 | {
|
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| 51 | int k = internal::random<int>(0,rows-1);
|
---|
| 52 | while (aux.find(k)!=aux.end())
|
---|
| 53 | k = internal::random<int>(0,rows-1);
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| 54 | aux.insert(k);
|
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| 55 |
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| 56 | dst.insert(k,j) = internal::random<Scalar>();
|
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| 57 | }
|
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| 58 | }
|
---|
| 59 | dst.finalize();
|
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| 60 | }
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| 61 |
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| 62 | void eiToDense(const EigenSparseMatrix& src, DenseMatrix& dst)
|
---|
| 63 | {
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| 64 | dst.setZero();
|
---|
| 65 | for (int j=0; j<src.cols(); ++j)
|
---|
| 66 | for (EigenSparseMatrix::InnerIterator it(src.derived(), j); it; ++it)
|
---|
| 67 | dst(it.index(),j) = it.value();
|
---|
| 68 | }
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| 69 |
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| 70 | #ifndef NOGMM
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| 71 | #include "gmm/gmm.h"
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| 72 | typedef gmm::csc_matrix<Scalar> GmmSparse;
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| 73 | typedef gmm::col_matrix< gmm::wsvector<Scalar> > GmmDynSparse;
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| 74 | void eiToGmm(const EigenSparseMatrix& src, GmmSparse& dst)
|
---|
| 75 | {
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| 76 | GmmDynSparse tmp(src.rows(), src.cols());
|
---|
| 77 | for (int j=0; j<src.cols(); ++j)
|
---|
| 78 | for (EigenSparseMatrix::InnerIterator it(src.derived(), j); it; ++it)
|
---|
| 79 | tmp(it.index(),j) = it.value();
|
---|
| 80 | gmm::copy(tmp, dst);
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| 81 | }
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| 82 | #endif
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| 83 |
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| 84 | #ifndef NOMTL
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| 85 | #include <boost/numeric/mtl/mtl.hpp>
|
---|
| 86 | typedef mtl::compressed2D<Scalar, mtl::matrix::parameters<mtl::tag::col_major> > MtlSparse;
|
---|
| 87 | typedef mtl::compressed2D<Scalar, mtl::matrix::parameters<mtl::tag::row_major> > MtlSparseRowMajor;
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| 88 | void eiToMtl(const EigenSparseMatrix& src, MtlSparse& dst)
|
---|
| 89 | {
|
---|
| 90 | mtl::matrix::inserter<MtlSparse> ins(dst);
|
---|
| 91 | for (int j=0; j<src.cols(); ++j)
|
---|
| 92 | for (EigenSparseMatrix::InnerIterator it(src.derived(), j); it; ++it)
|
---|
| 93 | ins[it.index()][j] = it.value();
|
---|
| 94 | }
|
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| 95 | #endif
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| 96 |
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| 97 | #ifdef CSPARSE
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| 98 | extern "C" {
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| 99 | #include "cs.h"
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| 100 | }
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| 101 | void eiToCSparse(const EigenSparseMatrix& src, cs* &dst)
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| 102 | {
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| 103 | cs* aux = cs_spalloc (0, 0, 1, 1, 1);
|
---|
| 104 | for (int j=0; j<src.cols(); ++j)
|
---|
| 105 | for (EigenSparseMatrix::InnerIterator it(src.derived(), j); it; ++it)
|
---|
| 106 | if (!cs_entry(aux, it.index(), j, it.value()))
|
---|
| 107 | {
|
---|
| 108 | std::cout << "cs_entry error\n";
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| 109 | exit(2);
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| 110 | }
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| 111 | dst = cs_compress(aux);
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| 112 | // cs_spfree(aux);
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| 113 | }
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| 114 | #endif // CSPARSE
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| 115 |
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| 116 | #ifndef NOUBLAS
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| 117 | #include <boost/numeric/ublas/vector.hpp>
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| 118 | #include <boost/numeric/ublas/matrix.hpp>
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| 119 | #include <boost/numeric/ublas/io.hpp>
|
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| 120 | #include <boost/numeric/ublas/triangular.hpp>
|
---|
| 121 | #include <boost/numeric/ublas/vector_sparse.hpp>
|
---|
| 122 | #include <boost/numeric/ublas/matrix_sparse.hpp>
|
---|
| 123 | #include <boost/numeric/ublas/vector_of_vector.hpp>
|
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| 124 | #include <boost/numeric/ublas/operation.hpp>
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| 125 |
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| 126 | typedef boost::numeric::ublas::compressed_matrix<Scalar,boost::numeric::ublas::column_major> UBlasSparse;
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| 127 |
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| 128 | void eiToUblas(const EigenSparseMatrix& src, UBlasSparse& dst)
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| 129 | {
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| 130 | dst.resize(src.rows(), src.cols(), false);
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| 131 | for (int j=0; j<src.cols(); ++j)
|
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| 132 | for (EigenSparseMatrix::InnerIterator it(src.derived(), j); it; ++it)
|
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| 133 | dst(it.index(),j) = it.value();
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| 134 | }
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| 135 |
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| 136 | template <typename EigenType, typename UblasType>
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| 137 | void eiToUblasVec(const EigenType& src, UblasType& dst)
|
---|
| 138 | {
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---|
| 139 | dst.resize(src.size());
|
---|
| 140 | for (int j=0; j<src.size(); ++j)
|
---|
| 141 | dst[j] = src.coeff(j);
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| 142 | }
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| 143 | #endif
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| 144 |
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| 145 | #ifdef OSKI
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| 146 | extern "C" {
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| 147 | #include <oski/oski.h>
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| 148 | }
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| 149 | #endif
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